A globális növénykereskedelem bővülésével egyre gyakoribbak az invazív kórokozók által okozott járványok. A Phytophthora ramorum, egy behatoló oomycetes, 2000 óta pusztító járványokat okoz Európában és Észak-Amerikában. Négy ősi klónális vonalon keresztül terjed, melyek mindegyike egyetlen párzási típussal rendelkezik, ami különböző földrajzi eredetre utal.
Kutatásunk során a laurosziális erdőket vizsgáltuk P. ramorum szempontjából a vietnámi-kínai határ mentén, a Fansipan-hegy környékén, valamint Japán délnyugati részén, Shikoku és Kyushu szigetén. A felmérések során 71 P. ramorum izolátumot gyűjtöttünk, amelyeket nyolc új vonalra osztottunk: IC1-től IC5-ig Vietnamból, és NP1-től NP3-ig Japánból. Ezeket az osztályozásokat a telepkultúrák jellemzői, a gén-környezet válaszok és a multogén filogenetikai elemzések alapján végeztük.
A molekuláris filogenetikai fák és hálózatok kimutatták, hogy a nyolc ázsiai vonal eloszlott az európai és észak-amerikai vonalak topológiájában. A P. ramorumon belüli legmélyebb csomópont, az NP1 és NP2 vonalak divergenciája 0,5 és 1,6 millió év közé becsülhető. Az ázsiai vonalak mindegyike egyetlen párzási típussal rendelkezett, és egyes helyeken az "ellentétes" párzási típusú vonalak is jelen voltak, ami utal a vonalak közötti rekombináció lehetőségére.
A mintapopulációkban tapasztalt magas szintű fenotípusos és filogenetikai sokféleség, a koaleszcencia eredményei és a nyilvánvaló gazdaszomatómák hiánya alapján arra a következtetésre jutottunk, hogy a P. ramorum számos ősi, eltérően adaptálódott vonalból áll, amelyek valószínűleg az Indokínától (keleti Mianmar, északi Laos és Vietnam, valamint délnyugat-Kína) Japánig terjedő laurosziális erdőkben endemikusak.
Az Inkscape 0.91 újdonságai
Az Inkscape egy ingyenes, nyílt forrású vektorgrafikus program. 2015. január 30-án megjelent az Inkscape új verziója, a 0.91. Több éves tervezői erőfeszítés eredménye a legújabb változat, amit régóta vártunk. 0.48-ról 0.91-re ugorhatsz, ha az Inkscape letöltés oldaláról telepíted az operációs rendszeredre szabott verziót.
A 2010-11-es évek Google Summer of Code ösztöndíjainak eredményeképpen az Inkscape 0.91 új képmegjelenítő motort kapott, amely a Cairo könyvtárat használja. A grafikák újrarajzolása sokkal gyorsabbá vált, a komplex objektumok memóriakezelése kisebb válaszidővel jár. Az OpenMP (nyílt többszálú feldolgozás) többmagos processzorok esetében szétosztja a számításokat, ezzel a szűrők esetében gyorsabb megjelenítést eredményez. A 0.48 változat memóriaigényéhez képest sok esetben negyedakkora helyen tárolja a komplexebb képeket a program, ami nagyobb, bonyolultabb ábrák megjelenítését segíti.
A legújabb internetes technológiákkal kacérkodó fejlesztők örülni fognak a HTML-5 Canvasba való közvetlen mentés lehetőségének. Minden olyan elem újdonság, ami a menüben vagy feliratban angol nyelven jelentkezik be. Megköszönve Bíró Árpád fordító eddigi munkáját, jelezzük, hogy az Inkscape magyarításához önkéntesek jelentkezését várjuk!
Kutatási módszertan
A kutatás során 2016 és 2018 között két expedíciót tartottak Észak-Vietnamban, a Fansipan-hegy környékén, valamint két expedíciót Shikoku és Kyushu szigetén, Délnyugat-Japánban. A laurosziális erdőkben végeztek mintavételezést. A Phytophthora izolátumokat természetesen elhalt levelekből, virágokból és talajmintákból nyerték, valamint levélcsalival (bait leaves) is próbálkoztak.
Az izolátumok azonosítása morfológiai összehasonlítással és az RNS gén ITS régiójának szekvenciaanalízisével történt. A növekedési sebességet és a telepkultúrák jellemzőit 20 °C-on vizsgálták karotta agar táptalajon. A gén-környezet stresszteszteket V8 2% agar táptalajon végezték 28,5 °C vagy 28 °C hőmérsékleten.
A párzási típusok meghatározására több párzási tesztet végeztek karotta agarose táptalajon, ahol az izolátumokat A1 és A2 tenyészetekkel pároztatták. A gametangiumok és oospórák megfigyelését és mérését mikroszkópon keresztül végezték.
A filogenetikai elemzésekhez DNS-t izoláltak 16 vietnámi és 7 japán izolátumból, valamint a négy ismert P. ramorum vonal és a P. lateralis (mint kiinduló csoport) képviselőiből. Hét nukleáris és öt mitokondriális DNS régiót amplifikáltak és szekvenáltak.
Eredmények és következtetések
A kutatás során nyolc új P. ramorum vonalat azonosítottak: ötöt Vietnamban (IC1-IC5) és hármat Japánban (NP1-NP3). Ezek a vonalak morfológiai, genotipikus és fenotípusos jellemzőikben eltértek a korábban ismert európai és észak-amerikai vonalaktól.
A filogenetikai elemzések azt mutatták, hogy az ázsiai vonalak az európai és észak-amerikai vonalak topológiájában helyezkedtek el. Becslések szerint az NP1 és NP2 japán vonalak 0,5-1,6 millió évvel ezelőtt váltak külön. Az ázsiai vonalak mindegyike egyetlen párzási típussal rendelkezett, de egyes helyeken mindkét párzási típusú vonal jelen volt, ami lehetőséget teremt a rekombinációra.
A kutatók arra a következtetésre jutottak, hogy a P. ramorum számos ősi, eltérően adaptálódott vonalból áll, amelyek valószínűleg az Indokínától Japánig terjedő laurosziális erdőkben őshonosak. A vizsgált mintákban magas volt a fenotípusos és filogenetikai sokféleség, és nem figyeltek meg nyilvánvaló gazdaszomatómákat.
Status of the Phytophthora ramorum
Az Inkscape 0.91 verziója jelentős előrelépést hozott a szoftver teljesítményében és funkcióiban. Az új Cairo alapú renderelő motor gyorsabb grafikai megjelenítést és jobb memóriakezelést biztosít, különösen komplex objektumok esetén. Az OpenMP támogatás kihasználja a többmagos processzorokat, felgyorsítva a szűrők alkalmazását. A program memóriaigénye is csökkent, ami lehetővé teszi nagyobb és bonyolultabb ábrák kezelését.
A fejlesztők örömmel fogadták a HTML5 Canvasba történő közvetlen mentés lehetőségét, ami megkönnyíti az online tartalmak létrehozását. Az Inkscape magyarítása folyamatban van, és a fejlesztők önkéntes fordítókat keresnek.
tags: #inkscape #091 #net #keretrendszer